Эндоскоптарды өңдеу сапасын бақылау микробиологиялық әдіспен жүргізіледі. Толық өңделген және кептірілген эндоскоптан шайынды сынамаларын жоспарлы алу тоқсан сайын жүзеге асырылады. Сынамаларды зертханашы немесе бөлімшенің мейіргерінің көмегімен микробиолог-дәрігер алады. Биопсиялық арна, енгізілетін түтік, клапандар және клапан ұялары бақылауға жатады.
Эндоскоптың енгізілетін түтігінің сыртқы бетінен шайындылар алу стандартты әдістеме бойынша стерильді дистилденген суға батырылған стерильді тампондармен жүзеге асырылады. Әрбір клапанның барлық беттерінен (сыртқы беттері, қуыс кеңістіктер мен өтпелі саңылаулардың беттері) шайындылар бір тампонмен алынады. Клапан ұяларының беттерінен шайындылар цилиндрдің барлық беттерін қамти отырып, тампонмен айналдыра қозғалтып алынады.
Эндоскоптың өңдеудің толық циклының тиімділік өлшемшарты ішек таяқшасы тобы бактерияларының, алтын түстес стафилококктың, көкіріңді таяқшаның, өңезді және ашытқы грибоктарының, сондай-ақ басқа шартты- патогенді және патогенді микроорганизмдердің өсуінің болмауы болып табылады. Бұл ретте эндоскоптың биопсия арнасының жалпы микробтық тұқымдалу көрсеткіші — 100 КОЕ/мл-ден аз.
Микроорганизмдер анықталса немесе биопсия арнасының микроорганизмдермен тұқымдалуы ≥ 100 КОЕ/мл көлемде болса, өңдеу қанағаттанарлықсыз деп танылады. Эндоскоп өңдеудің толық циклынан өтеді және сынамалары бақылауға алынады. Микробиологиялық зерттеулердің нәтижесі қайтадан қанағаттанарлықсыз болғанда және эндоскопты өңдеу технологиясында анықталған бұзушылықтар болмағанда оның техникалық дұрыстығын тестілеу үшін сервистік орталыққа жүгіну ұсынылады.
Эндоскопты өңдеу сапасын жоспардан тыс микробиологиялық бақылау эпидемиологиялық көрсетілімдер бойынша жүргізіледі.
Жуу-дезинфекциялау машинасында өздігінен дезинфекциялаудың сапасын микробиологиялық бағалау жарты жылда бір реттен сиретпей жүргізіледі.
Машинаның әр түрлі учаскелерінен (ванна, су және ауа беру түтікшелері, штуцерлер), өздігінен дезинфекциялау циклы тікелей аяқталғаннан кейін стерильді дистилденген суға батырылған тампондармен алынады. Тиімділік өлшемшарты — зерттелген шайынды үлгілерінде микроорганизмдердің вегетативті түрлерінің өсуінің болмауы.
Стерильдікке бақылауға жататын эндоскоп құралдары стерильдеу жүзеге асырылған қаптамада микробиологиялық зертханаға жолданады. Стерильдеудің тиімділік өлшемшарты — микроорганизмдер өсуінің болмауы.
Алматы қаласының санитариялық-эпидемиологиялық бақылау департаментінің басшысы — Алматы қаласының Бас мемлекеттік санитариялық дәрігері
